[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: ثبت نام :: تماس با ما ::
:: دوره 6، شماره 3 - ( پاییز 1395 ) ::
جلد 6 شماره 3 صفحات 380-388 برگشت به فهرست نسخه ها
ارزیابی بیوانفورماتیکی پلی‌مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) بیماری‌زا در ناحیه کد‌کننده ژن پروتئین پریون انسانی (PRNP)
کورش بامداد 1، فاطمه رحیمی قره میرشاملو2، سیروس نعیمی2
1- گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه پیام نور، ایران ، kbamdad@yahoo.com
2- گروه ژنتیک دانشکده علوم پایه، واحد کازرون، دانشگاه آزاد اسلامی، کازرون، ایران
چکیده:   (2193 مشاهده)

زمینه و هدف: پلی­مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی عامل ایجاد تنوع ژنتیکی در جانداران می­باشند و در این میان، پلی­مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) باعث تغییر در باقیمانده‌های اسیدآمینه می­شوند. تحقیق اخیر با هدف بررسی احتمال ارتباط بین تمامی چندشکلی‌های گزارش‌شده از ژن پریون انسانی و بروز بیماری انجام‌شده است.

مواد و روش‌ها: در این مطالعه توالی اسیدآمینه ایزوفرم اصلی ژن پروتئین پریون انسانی از پایگاه داده UniProt استخراج و توسط سرورهای FoldAmyloid و AmylPred موردبررسی قرار گرفت. همچنین تمامی پلی­مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف این پروتئین از پایگاه داده dbSNP استخراج و توسط سرورهای بیوانفورماتیکی SIFT،PolyPhen-2، I-Mutant-3.0،PANTHER،SNPs&GO ،PHD-SNP،Meta-SNP  و MutPred برای تعیین زیان‌بارترین SNP مورد ارزیابی قرار گرفت.

نتایج: بررسی توالی پروتئین توسط سرورهای FoldAmyloid و AmylPerd، نواحی 15-5، 178-174، 184-180، 217-211 و 252-240 را به‌عنوان حساس‌ترین بخش‌های پروتئین در روند آمیلوئیدی شدن معرفی کردند. همچنین از غربالگری تمام nsSNPهای ایزوفرم اصلی پروتئین توسط سرورهای استفاده‌شده، 105 مورد جایگزینی والین به‌جای آسپارتیک اسید در جایگاه 178 با شناسه‌ی rs11538766 را به‌عنوان زیان‌بارترین nsSNP در ساختار پروتئین پیش­بینی کردند.

نتیجه ­گیری: بر اساس نتایج، جایگزینی والین به‌جای آسپارتیک­اسید در موقعیت 178 (D178V) به‌عنوان زیان‌بارترین جهش در ساختمان پروتئین پریون انسانی پیش‌بینی شد. همچنین مکانیسم مولکولی ارائه‌شده توسط سرور MutPred نیز دلالت بر افزایش ساختار بتا (Gain of sheet) در فرم فضایی پروتئین دارد که مسبب افزایش احتمال تولید و تجمع تشکیلات فیبریلی خواهد بود.

واژه‌های کلیدی: پلی مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف، پروتئین پریون انسانی، جهش D178V
متن کامل [PDF 885 kb]   (882 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بیوفیزیک
دریافت: ۱۳۹۵/۲/۵ | پذیرش: ۱۳۹۵/۴/۲۶ | انتشار: ۱۳۹۵/۹/۱۳
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

کد امنیتی را در کادر بنویسید >



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Bamdad K, Rahimi Gharemirshamlu F, Naeimi S. Bioinformatic Analysis of Deleterious Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms (nsSNPs) in the Coding Regions of Human Prion Protein Gene (PRNP). J Fasa Univ Med Sci. 2016; 6 (3) :380-388
URL: http://journal.fums.ac.ir/article-1-1088-fa.html
بامداد کورش، رحیمی قره میرشاملو فاطمه، نعیمی سیروس. ارزیابی بیوانفورماتیکی پلی‌مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) بیماری‌زا در ناحیه کد‌کننده ژن پروتئین پریون انسانی (PRNP). مجله دانشگاه علوم پزشکی فسا. 1395; 6 (3) :380-388

URL: http://journal.fums.ac.ir/article-1-1088-fa.html

دوره 6، شماره 3 - ( پاییز 1395 ) برگشت به فهرست نسخه ها
Journal of Fasa University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.064 seconds with 790 queries by yektaweb 3479