[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: ثبت نام :: تماس با ما ::
:: بهار (In press) ::
برگشت به فهرست مقالات برگشت به فهرست نسخه ها
ارائه یک الگوریتم فراابتکاری جهت کشف توالی تنظیمی در ژنوم بیماران مبتلا به سرطان سینه
محمدجواد حسین پور1 ، حمید پروین 2، صمد نجاتیان3 ، وحیده رضائی4 ، کرم الله باقری فرد5
1- دانشکده مهندسی کامپیوتر، واحد یاسوج، دانشگاه آزاد اسلامی، یاسوج، ایران
2- دانشکده مهندسی کامپیوتر، واحد نورآباد ممسنی، دانشگاه آزاد اسلامی، نورآباد ممسنی، ایران ، parvinhamid@gmail.com
3- دانشکده مهندسی برق، واحد یاسوج، دانشگاه آزاد اسلامی، یاسوج، ایران
4- دانشکده ریاضیات، واحد یاسوج، دانشگاه آزاد اسلامی، یاسوج، ایران
5- باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، واحد یاسوج، دانشگاه آزاد اسلامی، یاسوج، ایران
چکیده:   (465 مشاهده)
زمینه و هدف: امروزه در دانش پزشکی، روش­های تشخیص علائم و کشف بیماری­ها، بسیار وسیع و گسترده شده است. درنتیجه، تحلیل کلیه عوامل دخیل در یک بیماری، اغلب چالش­برانگیز است؛ بنابراین به یک سیستم مکانیزه برای کمک به کشف قوانین، شناسایی الگوهای موجود و پیش‌بینی رخ دادهای آینده، کاملاً احساس می­شود. در این تحقیق قصد داریم با استفاده از یک الگوریتم فراابتکاری چندهدفه، روشی را ارائه کنیم که بتواند توالی­های تنظیمی (Regulatory Elements) با طول متغیر از ژنوم را کشف و استخراج کرده و برهم­کنش­های بین آ­ن­ها را نیز شمارش کند. درواقع این توالی تنظیمی می­توانند نقش قابل‌توجهی در بروز و تشدید بیماری سرطان ایفا ­کنند.
مواد و روش‌ها: در این پژوهش، از یک متد پیشنهادی جهت کشف توالی تنظیمی در ژنوم بیمار مبتلا به سرطان سینه استفاده‌شده است. متد پیشنهادی در نرم­افزار Matlab پیاده­سازی شده است. همچنین، جهت سنجش عملکرد و کارایی روش پیشنهادی، الگوریتم موردنظر بر روی مجموعه داده­های Hi-C (Hi-C Dataset) مربوط به بیماران مبتلا به سرطان سینه در دو رده سلول خونی 12878GM و +34CD معرفی‌شده توسط میفسود و همکاران، اجرا ­گردید.
نتایج: اجرای روش پیشنهادی با روش HiCUP مورد مقایسه قرار گرفت. نتایج نشان می­دهند که روش MSARE در کشف توالی­های تنظیمی، عملکرد بهتری را نسبت به روش HiCUP داشته است.
نتیجه ­گیری: در این پژوهش، بررسی­های تجربی نشان می­دهند که دو پروموتر 6BLC و HOTTIP کشف­شده توسط روش پیشنهادی در هر دو سلول خونی 12878GM و +34CD در بروز و تشدید بیماری سرطان سینه تأثیر معنی­داری داشته­اند.
 
 
واژه‌های کلیدی: توالی تنظیمی، سرطان سینه، HiCUP، الگوریتم فراابتکاری، پروموتر BLC6، پروموتر HOTTIP.
     
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بیوتکنولوژی پزشکی
دریافت: 1397/2/22 | پذیرش: 1398/5/28
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print



برگشت به فهرست مقالات برگشت به فهرست نسخه ها
Journal of Fasa University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 32 queries by YEKTAWEB 4130