:: دوره 7، شماره 2 - ( تابستان 1396 ) ::
جلد 7 شماره 2 صفحات 248-256 برگشت به فهرست نسخه ها
بررسی بیوانفورماتیکی ساختار و عملکرد سم لبستاتین جداشده از زهرمار ماکروویپریالبتینا
مریم ربیعی1، حسین سازگار 2، فرزانه محمدی فارسانی3
1- گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرکرد، شهرکرد، ایران
2- گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرکرد، شهرکرد، ایران ، hoseinsazgar@yahoo.com
3- گروه ژنتیک، دانشکده زیست‌شناسی، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران
چکیده:   (342 مشاهده)

زمینه و هدف: لبستاتین، یک دیس اینتگرین پلیپپتیدی تک زنجیرهای متشکل از 107 آمینواسید است که از زهرمار ماکروویپریالبتینا جداسازی شده است. لبستاتین بااتصال به ­اینتگرین و مهار عملکرد آن، چسبندگی و مهاجرت سلولهای اندوتلیال را خنثی کرده و اثر ضد رگزایی دارد. هدف از انجام این پژوهش، بررسی برهمکنش این پپتید با اینتگرین و شناسایی اسیدهای آمینه­ی مهم درگیر در این برهمکنش است.
مواد و روش‎ها: با توجه به اهمیت لبستاتین در مهار چسبندگی و مهاجرت سلول­های سرطانی؛ در این پژوهش ساختار سه‌بعدی این پپتید توسط سرور phyre2 شبیه‌سازی‌شده و با پپتیدهای مشابه مورد مقایسه قرار گرفت. در مرحله­ی بعد، به‌منظور شناسایی مکانیسم دقیق عملکرد این پپتید، برهمکنش آن با زیرواحد اینتگرینی 1α با استفاده از سرور Z-Dock بررسی شد. نتایج حاصل از این برهمکنش نیز با کمک نرم‌افزارهای Chimera1.5.3 و SPDBV آنالیز گردید.
نتایج: نتایج حاصل از شبیه­سازی لبستاتین نشان داد که این سم ازلحاظ ساختار، شباهت بسیاری زیادی با پروتئین­های هم­خانواده­ی خود دارد. به‌علاوه بررسی­های بیوانفورماتیکی نشان داد که ریشه­های Lys50، Cys71 و Tyr92 از لبستاتین و Asp20، Tyr17 و His118 از زیر واحد 1α از مهم­ترین اسیدهای آمینه­ی درگیر در برهمکنش این دو پروتئین هستند.
نتیجه‌گیری: بررسی­های بیوانفورماتیکی مورد استفاده در این پژوهش، سبب شناسایی اسیدهای آمینه­ی مهم درگیر در برهمکنش میان لبستاتین و اینتگرین هدف آن گردید. این نتایج را می­توان در طراحی و تولید مصنوعی پپتیدهای متفاوت و قوی­تر برای مهار اینتگرین و درنتیجه مهار مهاجرت و رگ‌زایی سلول­های سرطانی مورد استفاده قرار داد.
 

واژه‌های کلیدی: سم لبستاتین، موتیف KTS، دیس‎اینتگرین، اینتگرین α1 β1
متن کامل [PDF 1260 kb]   (124 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتيك عمومي
دریافت: ۱۳۹۵/۹/۲۵ | پذیرش: ۱۳۹۶/۲/۳ | انتشار: ۱۳۹۶/۶/۱۳



XML   English Abstract   Print


دوره 7، شماره 2 - ( تابستان 1396 ) برگشت به فهرست نسخه ها